在抗金的战争中，吴玠受统制官曲端之命，率前军大败金兵于青溪岭。后又奉命东进，收复华州。
后来，吴玠又击斩宋江余部起义军首领史斌。富平之战时，吴玠领军力战金完颜宗弼部。战后又整编残部，扼守和尚原。并且在绍兴元年至绍兴四年间，于和尚原之战、饶凤关之战、仙人关之战中屡抗金军，保全四川，史称“微玠身当其冲，无蜀久矣”。
吴玠行军作战时遵从孙武、吴起之战法，只谈远略，不求小利，因此能每战必胜。
他统御部下严明而有恩惠，常常虚心询问、接受意见。吴玠虽身为大将，但能听取最下层的士卒的想法，因此士卒们都乐意为他拼死效命。吴玠选用将佐时，只视其功劳高低，不为亲朋故旧或权贵而徇私情。